Acest muzeu este găzduit de Castelul din Malcesine. Aici se află o colecţie impresionantă de plante, dar şi tabele cu fotografii şi descrieri ale plantelor specifice zonei Lacului Garda şi Muntelui Baldo.
Tot în cadrul Muzeului Istoriei Naturale se află şi o expoziţie unde sunt expuse mai multe schiţe ale celebrului Goethe. Acestea prezintă Lacul Garda din mai multe unghiuri şi au fost realizate de poet în timpul călătoriei acestuia în Italia.